幽冥女王之兄阿達武士Rito加入侵略地球的隊伍並壓倒性的擊敗金剛戰士摧毀了大連王與戰鬥白虎指揮中心亦在戰鬥中損毀金剛戰士就此失去超異能宙威利用中心所餘的能量將失去超異能的戰士們送去忍者神廟要他們去見可製造超異能硬幣的忍者戰士Ninjor儘管途中有阿達武士派遣的食人鳥追擊但戰士們依舊成功抵達神廟獲得新的超異能並多了忍者裝扮的變身型態以及忍者機械獸Ninja Zords後來巴布猴怪頭陀與魚匠人等尋獲失落已久的無敵戰將Shogun Zords玄冥大帝等人遂奪走小晴的超異能硬幣與大明的戰鬥鷹企圖要脅金剛戰士替自己駕駛無敵戰將征服地球大明只得潛入暗月宮內於千鈞一髮之際奪回硬幣與戰鬥鷹而比利亦在操縱無敵戰將時將控制權奪來令玄冥大帝的企圖失敗也讓金剛戰士多了五架新的生力軍
小晴為了追求理想決定離開參加體操大賽訓練原先遭幽冥女王下咒以企圖謀害金剛戰士的凱特Katherine在破除魔咒後取代她成為新的粉紅戰士但過沒多久幽冥女王的父親終極魔王發動魔法將時間倒轉令金剛戰士全回到童年時期因此失去了超異能為了抵禦侵略宙威自水柔星請來了外星戰士3就此進入特別篇至於變回兒童的各戰士除了比利透過機器很快恢復之外其餘人則到各地尋找奇奧水晶的碎片希望將之收集後發動魔力令地球恢復原狀而伊莎到非洲尋找水晶時意外與遠親相逢從此留在當地由表姊唐娜帶著水晶回到美國但當水晶湊齊讓地球復原後天狼將軍Goldar與阿達卻闖入指揮中心竊走水晶並炸毀該處金剛戰士的歷史劃下句點異星戰士開始
